Округ как самостоятельная административно-территориальная единица образован 02.12.1953 г. Административный центр — п.г.т. Ягодное.
Границы Ягоднинского городского округа определяют территорию, в пределах которой осуществляется местное самоуправление. Территория округа включает в себя шесть городских поселений, в состав которых входит десять населённых пунктов, а также пять населённых пунктов расположенных на межселенной территории.
Ягоднинский городской округ расположен на севере Магаданской области. С востока район граничит со Среднеканским городским округом, на юге — с Хасынским городским округом, на западе — с Тенькинским городским округом и на северо-западе — с Сусуманским городским округом.
Территория окргуга имеет площадь 29,6 тыс.км., что составляет 6,4% от площади Магаданской области, и расположена в её центральной части, в 523 км по автодороге, от областного центра города Магадана.